Научная работа в музее ведётся в области музееведения и профильных наук, в том числе по федеральным программам «Экологическая безопасность России», «Биологическое разнообразие», «Сохранение и развитие культуры и искусства».
Музей периодически организует и проводит научно-практические конференции.Сотрудники музея ведут научную работу по различным темм.
По научным темам публикуются научные и научно-популярные статьи, а также сотрудники принимают участие в работе научно-практических конференций.
Научные сотрудники музея участвуют с докладами в работе различных научно-практических конференций, постоянно действующих семинаров, школ по проблемам музееведения, публикуют научные статьи.
Музей издаёт путеводители, каталоги, буклеты; выпускает методические материалы к оригинальным музейным программам.